1840年鸦片战争后，中国开始遭受列强的侵略。英国和法国为了索取更多的侵略特权，组成了联军于1860年向北京进犯。10月，英法联军开进圆明园，他们抢劫了珍宝文物，又放火焚烧了圆明园乃至万寿山、玉泉山和香山的宫殿。大火烧了两天两夜，终于使圆明园变为废墟。请政府被迫与英国和法国分别签定了《北京条约》，全部答应了侵略者有关割地、赔款、开放口岸的条件。继之，请政府又被迫与俄国签定了《北京条约》，中国东北西北150万平方公里的土地割让给了俄国。公元1895年，日本以攻占北京相威胁，迫使清政府与之签定了丧权辱国的《马关条约》。

19世纪末20世纪初，中国爆发了义和团运动。这一运动打击的主要对象是外国教会。清朝的政治中心北京逐渐成为义和团运动的主要基地。公元1900年5月底至6月，义和团掀起了大规模的斗争，京郊各县义和团每日数十起地进入北京城内。义和团开始攻击因为中外不平等条约才得以来华的天主教堂和耶稣教堂，还宣布拆毁洋学堂-同文馆以及戊戌维新时成立的京师大学堂（即今北京大学的前身）。从6月15日起，义和团开始围攻在外国军队保护下的天主教北堂（西什库教堂），该围攻一直持续到8月；并在6月20日起开始进攻各国使馆。至此，清政府对各列强宣战。

在此期间，各国公使以保护使馆为名，调兵进京。八国联军于6月攻陷大沽炮台，继之向北京大举进攻。8月中旬，八国联军攻入北京，慈禧太后挟光绪皇帝仓皇出逃。俄军、日军在朝阳门、东便门与守城的中国人激战了一昼夜。

清政府被迫与11个国家签定了不平等的《辛丑条约》，涉及北京的条款有：在东单为被击毙的德国公使立牌楼，刻写光绪皇帝"惋惜凶事"的圣旨；凡有义和团起事的地方，停止文武考试五年；建立东郊民巷使馆区，中国人不得在内居住；拆除从大沽口到北京沿线的炮台；赔偿义和团起事时在京教会、教堂、教会医院、学堂等的损失。

八国联军撤退后，慈禧太后由西安起程返回北京，结束了一年零四个多月的流亡。

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